A estrutura administrativa da Prefeitura de São José dos Campos prevê a organização de suas diversas atividades em secretarias subordinadas diretamente ao prefeito. Além das secretarias, há ainda o Gabinete do Prefeito que, por sua vez, tem a ele vinculadas assessorias específicas. Associados à Prefeitura também existem órgãos da administração indireta, criados por lei, e que prestam serviços específicos ao público.
À Divisão de Defesa Civil, órgão que compõe a Secretária Geral que é subordinada à Secretaria de Proteção ao cidadão compete