Em 22 de fevereiro de 2006, a Portaria nº 399 divulga o Pacto pela Saúde 2006 – Consolidação do SUS e
aprova as diretrizes operacionais do referido Pacto. Esse passa a ser o novo instrumento de gestão
interfederativo do SUS, em que a habilitação é substituída pelo termo de compromisso de formalização
dos acordos entre os gestores de saúde. O Pacto pela Saúde 2006 apresenta três componentes, são eles: